E3泛素连接酶分为三大类：RING型、E6-AP羧基末端同源型（HECT型）和RING-between-RING型（RBR型）。
RING E3 的特征在于存在一个称为 RING 的锌结合结构域或一个 U-box 结构域。一些 RING E3 由多个亚基组成，例如 cullin-RING 连接酶 (CRL) 和后期促进复合体/环体 (APC/C)。
保守的 HECT 结构域具有双叶结构：N 端叶和 C 端叶。两个叶由一个灵活的铰链区连接。根据 N 端延伸，人类 HECT 可分为三个亚家族：(1) Nedd4 家族，包含色氨酸-色氨酸 (WW) 基序；(2) HERC（HECT 和 RCC1 样结构域）家族，包含一个或多个染色体凝聚调控因子 1 (RCC1) 样结构域 (RLD)；以及 (3) 包含各种结构域的“其他”HECT。
RBR 的名称源于两个预测的 RING 结构域（RING1 和 RING2），它们之间由一个 RING 结构域（IBR）隔开。IBR 结构域采用与 RING2（或 Rcat）结构域相同的折叠方式，但缺少催化半胱氨酸残基；因此，它也被称为 BRcat（良性催化）结构域。
基于其特定的结构特征，一些E3连接酶含有大量以无规卷曲为特征的非二级结构，有些则表达不佳，无法进行进一步的表征。Profacgen提供全面的蛋白表达服务，可从多种宿主系统生产E3连接酶或靶蛋白，用于研究、功能分析、靶标验证或抗体开发。
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