背景
蛋白质-核酸相互作用的重要性
蛋白质-DNA相互作用是基因调控和细胞功能的核心。转录因子与DNA结合，开启或关闭基因，从而影响细胞发育。组蛋白等DNA结合蛋白在复制和修复中发挥着至关重要的作用。ChIP-Seq等传统方法至关重要，但存在局限性，需要大量样本，并且面临信号问题。
为了克服这些挑战，人们开发了 ChIP-DIP 和 SOLiD™ ChIP-Seq 等创新方法。ChIP-DIP 可以捕获多种蛋白质-DNA 相互作用，揭示基因调控网络，而 SOLiD™ 则可以提高准确性并减少样本需求。这些进步使研究蛋白质-DNA 相互作用更加高效且经济实惠。
什么是 CUT&RUN-Sequencing？
CUT&RUN 是“靶向切割并利用核酸酶释放”的缩写。它是一种研究蛋白质-DNA相互作用的技术，具体过程如下：
1. 细胞制备：将细胞固定在珠子上，用去污剂使其可渗透，从而使抗体能够与目标蛋白质结合。
2. 抗体结合：特定抗体附着在目标蛋白质上，实现精确定位。
3. 融合蛋白结合：与微球菌核酸酶融合的蛋白质 A 或 G（pA-MN 或 pG-MN）与抗体-蛋白质复合物结合，切割附近的染色质。
4. DNA 切割：在钙离子存在下，融合复合物切割目标蛋白附近的 DNA，释放 DNA 片段进行纯化。
5. 测序：这些片段被测序并与参考基因组比对，以识别蛋白质结合位点。CUT&RUN 提供高分辨率和低噪音，适用于研究转录因子和组蛋白修饰。
CUT&RUN 比 ChIP-seq 更简单、更便宜，并且适用于更小的样本，通过跳过交联和超声处理来避免假阳性，从而提高准确性。
图1. CUT&RUN测序工作流程。
CUT&RUN测序的应用
基因调控研究
CUT&RUN 测序是一种检查转录因子和调节蛋白如何结合 DNA 的便捷方法，有助于我们了解基因是如何被控制的。
表观遗传学研究
这种方法对于深入研究表观遗传变化以及了解它们如何调整基因表达和影响细胞行为至关重要。
疾病机制
CUT&RUN 测序可以通过分离异常的蛋白质-DNA 相互作用来帮助揭示疾病的分子根源。
药物研发
它有助于发现可能的药物靶点并观察药物如何影响蛋白质-DNA相互作用，为新的治疗方法铺平道路。
服务流程
核心服务
一站式解决方案
迈博睿生物提供完整的 CUT&RUN 测序服务，涵盖从样本制备到数据分析的全过程。您只需将您的细胞或组织样本寄给我们，我们将为您处理剩下的一切，确保您的流程顺利便捷。
专业生物信息学分析
我们的生物信息学团队擅长解读 CUT&RUN 测序数据，并使用 Bowtie2 和 deepTools 等工具将其转化为您切实可用的洞见。我们会根据每个项目的具体需求调整分析服务，确保您充分利用数据。
高质量结果
在 Profacgen，我们致力于通过采用峰值调用和基序分析等先进技术，提供具有出色信噪比的高分辨率数据。这确保您获得值得信赖的结果。我们丰富的项目经验和卓越的数据质量，彰显了我们致力于提供顶级结果的承诺。
附加服务：
- 样品制备：我们准备您的样品，通过处理细胞通透和抗体孵育，确保它们已准备好进行 CUT&RUN 测序。
- 数据分析：我们的生物信息学团队深入研究数据，提供峰值调用、基序分析和差异结合分析，以帮助您掌握结果的生物学意义。
- 后续研究：我们支持后续研究，例如使用 qPCR 验证结合位点或进行功能分析以更深入地了解您的发现的生物学影响。
- 定制解决方案：Profacgen 提供个性化的实验设计和数据分析选项，以满足您的研究项目的特定需求，确保提供符合您目标的服务。
优势
- 专业知识和经验：我们的团队对蛋白质-核酸相互作用了如指掌，确保您的项目由熟练的人员负责。
- 创新技术：我们提供 CUT&RUN 测序，这是 ChIP 测序的进步，可提供更好的分辨率和更少的噪音，从而获得更清晰的结果。
- 全面的解决方案：Profacgen 是您从 CLIP-seq 到 ChIP 和 RIP-seq 的首选，涵盖基因调控分析的所有基础。
- 专业生物信息学支持：我们的生物信息学团队提供详尽的报告和见解，帮助您最大限度地利用您的研究成果。
- 经济高效且快捷：我们提供优惠的价格和快捷的服务，让您无需等待即可使用尖端基因组技术。
